Fundada en 1957 por Geólogos y Geofísicos de las compañías que operaban en ese entonces en el país como Shell, Intercol, Mobil, Texas Richmond y Colpet. Posterior a su fundación se realizo la afiliación a la American Association of Petroleum Geologists – AAPG.

Su nombre inicial fue Colombian Society of Petroleum Geologists and Geophysicists, y en 1980 su nombre fue reemplazado por Asociación Colombiana de Geólogos y Geofísicos del Petróleo.

En 1980, se creó el premio Placa O.C. Wheeler como la máxima distinción otorgada anualmente a un miembro activo como reconocimiento a sus contribuciones relacionadas entre otras con el descubrimiento del petróleo o el desarrollo de nuevos conceptos o ideas geológicas que conduzcan al descubrimiento del mismo, o el liderazgo en actividades exploratorias en el país, o la preparación de Geólogos y Geofísicos Colombianos, entre otras.

En 1982 se creó el Simposio Bolivariano Exploración Petrolera en las Cuencas Subandinas, del cual se han llevado a cabo con éxito 8 versiones en Colombia y 3 en Venezuela. La marca de este importante evento es de propiedad exclusiva de la Asociación.

En 1991, se creó la mención de honor Jesús A. Bueno para premiar la mejor conferencia técnica presentada durante el año.

En el 2002 se realizó la 1ra Convención Técnica, de la cual se han llevado a cabo 3 versiones.

En el 2005 se realizó la afiliación a la Society of Exploration Geophysicists –SEG y en el 2007 a la European Association of Geoscientists & Enginners – EAGE.

En el 2007 se apoya la creación de los capítulos estudiantiles y se da inicio al programa del Geólogo Visitante buscando de esta forma el acercamiento entre la industria y la academia. Igualmente se crea la primera publicación periódica para los Asociados, la revista Geopetroleo con circulación trimestral y contiene noticias de las actividades realizadas, de los asociados e información técnica.